Le drapeau franco-ontarien fut déployé officiellement pour la première fois le 25 septembre 1975 à l’Université de Sudbury. Les deux créateurs du drapeau sont: Gaétan Gervais, professeur d’histoire à l’Université Laurentienne et Michel Dupuis, étudiant en sciences politiques de première année à la même université. Il fut officiellement adopté par l’Association canadienne-française de l’Ontario (ACFO) (aujourd’hui l’Association des communautés franco-ontariennes) en 1977.
Le vert et le blanc symbolisent l’été et l’hiver de l’Ontario. La fleur du trille blanc à la droite (Trillium grandiflorum) est la fleur emblème officielle de la province de l’Ontario. La fleur de lys à la gauche est le rappel de l’appartenance au peuple Canadien français.
Le 29 juin 2001, le drapeau franco-ontarien reçoit le statut de symbole officiel de la province par l’assemblée législative de l’Ontario.
En septembre 2003, pour célébrer le 30e anniversaire du drapeau, la maison d’édition Prise de parole (en partenariat avec l’ACFO du Grand Sudbury) a publié un livre relatant l’histoire du drapeau. Le livre est intitulé Le drapeau franco-ontarien et est écrit par des étudiantes (Tina Desabrais, Denise Quesnel, Stéphanie St-Pierre et Francine Tisdelle) de l’Université Laurentienne sous la direction de Guy Gaudreau, historien à l’Université Laurentienne. En décembre 2006, un des premiers actes du nouveau maire de Sudbury, John Rodriguez, était de faire hisser le drapeau franco-ontarien à l’hôtel de ville.
Six drapeaux géants de 3 mètres par 6 mètres flottent en permanence à 27 mètres dans le ciel dans la ville d’Ottawa (monuments de la francophonie) depuis 2007.
